پاکنژاد در سالهای ۱۳۷۹ تا ۱۳۸۶ با حفظ سمت، عضو هیئتمدیره شرکت نفت مناطق مرکزی ایران نیز بود. پاکنژاد در سالهای ۱۳۸۴ تا ۱۳۸۶ مدیر برنامهریزی شرکت نفت مناطق مرکزی ایران بود و سپس تا ۱۳۹۲ به عنوان معاون مدیر برنامهریزی تلفیقی شرکت ملی نفت ایران فعالیت کرد.
برخی از مدیران صنعت نفت ،گاز، پالايش و پتروشیمی که مخالف پزشکیان بودند و در ستاد جلیلی فعالیت و حمایت می کردند و با استقرار دولت جدید باید از مناصب خود خداحافظی کنند